基于原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)?；谠粶y序（ISS）的方法通過測序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發(fā)的ISS中，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環(huán)化和RCA擴增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢包括：單細胞分辨率、亞細胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應(yīng)用于更大的組織區(qū)域。缺點是：檢測效率較低。scRNA-seq 技術(shù)的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。湖南運用空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展主要經(jīng)歷了三個比較重要的階段，第一階段是對大量混合細胞進行轉(zhuǎn)錄組測序，第二個階段是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序，現(xiàn)在我們講的就是第三結(jié)算空間轉(zhuǎn)錄組測序可以同時獲得細胞的空間位置信息和基因表達數(shù)據(jù)。它通過細胞穿透肽，將一個光作用的生物素標簽引入活細胞中。通過對選定的區(qū)域或單細胞進行光作用，poly(U)序列暴露出來，并與細胞mRNA的poly-A尾退火。之后利用鏈霉親和素與標簽上的生物素相結(jié)合，可以收集捕獲的mRNA，進一步用于RNA-seq。雖然它可以應(yīng)用于組織，但它的主要限制是其通量低，一次只能分析少數(shù)單個細胞。此外，對活組織的應(yīng)用限制了它在模型系統(tǒng)分析中的應(yīng)用。 湖南運用空間轉(zhuǎn)錄組細胞通訊是單細胞研究中一個模擬與理解復(fù)雜組織生態(tài)系統(tǒng)動力學的適用方法。

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要。

人類細胞圖譜項目極大地推動了單細胞水平的生命科學研究?？臻g轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)的發(fā)展和空間基因表達數(shù)據(jù)的快速積累是未來的發(fā)展趨勢。我們將繼續(xù)收集新的技術(shù)和數(shù)據(jù)集來更新SpatialDB?？臻g轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的**是根據(jù)每個芯片上每個spot的基因表達信息進行聚類，然后將spot根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個gene在組織上表達的空間位置進行定位。此外，我們將整合更多的工具和數(shù)據(jù)源來分析數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。HE 染色適用于空間轉(zhuǎn)錄組的組織學呈現(xiàn)方法。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的重要是根據(jù)每個芯片上每個spot的基因表達信息進行聚類，然后將spot根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個gene在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用Space Ranger 軟件可以自動化的對圖像進行處理、數(shù)據(jù)比對和Barcode處理。另外一個軟件Loupe Cell Browser是一個適用于Windows和MacOS的桌面應(yīng)用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。湖南運用空間轉(zhuǎn)錄組

結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，作者進一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達的空間注釋信息。湖南運用空間轉(zhuǎn)錄組

當前的技術(shù)主要有四種策略：1、基于組學實驗結(jié)合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結(jié)合的策略?；贚CM的轉(zhuǎn)錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學。基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序。費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。湖南運用空間轉(zhuǎn)錄組

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